La biodiversité entre faits et extrapolations

Un certain nombre de termes, souvent utilisés « au petit bonheur la chance », font en permanence la une des médias et des réseaux sociaux : OGM, biodiversité, sixième extinction, etc. Les OGM sont déjà longuement abordés dans ce blog avec deux textes dont un sur les prétendus « OGM cachés ». Nous allons aborder ici la question de la biodiversité, terme qui est une contraction de « diversité biologique » et qui recouvre trois niveaux du vivant.

La diversité infraspécifique, c’est à dire la diversité génétique à l’intérieur d’une espèce vivante. La diversité interspécifique qui désigne la pluralité des espèces vivantes de la planète. La diversité des écosystèmes c’est à dire les divers ensembles d’organismes vivants, animaux, plantes et micro-organismes, qui interagissent entre eux et avec le milieu dans lequel ils vivent. Pour plus d’informations on peut consulter deux textes dans l’Encyclopédie de l’Environnement, l’un de Jacques Joyard de l’université Grenoble-Alpes, l’autre de Jacques Blondel de l’université de Montpellier.

Ce texte concernera exclusivement la biodiversité interspécifique. Plus précisément, il sera focalisé sur les questions du nombre d’espèces vivantes existantes et de la proportion de celles qui seraient menacées d’extinction. Des sujets très médiatisés, sur un mode très alarmiste, par les médias grand public et des ONG, sur la base de déclarations d’organismes internationaux considérés comme des références en la matière. Qui n’a entendu parler « d’effondrement de la biodiversité », voire de « disparition du vivant » ? Quelle est la part du factuel et des suppositions sur ce sujet ? C’est ce que nous allons tenter de comprendre en abordant quatre questions.

1) Combien connaît-on actuellement d’espèces vivantes ?

2) Que sait-on du nombre total d’espèces existantes ?

3) Que sait-on sur les espèces menacées d’extinction ?

4) Peut-on estimer la quantité totale d’espèces menacées d’extinction  ?

Espèces vivantes recensées

On est là sur un terrain scientifique relativement solide. Un organisme sert actuellement de référence internationale. Il s’agit de Species 2000 qui établit le « Catalogue de la Vie » (Catalog of Life – CoL), continuellement mis à jour. L’édition 2019 de ce catalogue fait la liste de 1 837 565 espèces vivantes actuellement recensées et de 63 418 espèces éteintes au cours des temps géologiques. C’est un travail d’inventaire qui porte sur tous les domaines du monde vivant : Virus, Procaryotes (organismes unicellulaires sans noyau différencié = Bactéries et Archées) et Eucaryotes (organismes uni ou pluricellulaires dont les cellules ont un noyau bien différencié contenant les chromosomes).

Les auteurs ont recensé 1,3 millions d’animaux, 370 000 plantes et 135 000 champignons pour ne parler que des 3 groupes les plus représentés et les plus familiers (on trouvera les chiffres des huit groupes étudiés en ouvrant la rubrique « Parcourir »  sur leur site). Ils considèrent que cette liste ne représente que 80 % des espèces déjà connues des taxonomistes, dont le total se situerait autour de 2,2 millions. Au moins deux raisons font que cet inventaire est plus difficile qu’il peut le paraître.

1) Il peut y avoir de nombreux doublons, c’est à dire qu’une même espèce a pu être recensée par des experts différents. La quantité de ces doublons se situerait entre 10 et 20 %, ce qui n’est pas négligeable.

2) L’autre complication tient à l’incertitude même de la notion d’espèce. Des races géographiques (ou sous-espèces) d’une même espèce peuvent présenter des différences telles qu’elles seront cataloguées comme espèces différentes. Et il ne s’agit là que des eucaryotes, chez les procaryotes et les virus, la notion d’espèce est encore beaucoup plus floue et très délicate à manier.

Quelle proportion du monde vivant représente ce catalogue de la vie ? Autrement dit, que sait-on du nombre d’espèces existantes ? Là, les choses se compliquent sérieusement.

Estimation du nombre d’espèces existantes.

Les biologistes sont bien conscients depuis longtemps que la connaissance du nombre d’espèces existantes est essentielle pour comprendre le monde vivant et ses modifications. Depuis les années 1980, plusieurs tentatives ont été faites, toutes basées sur des hypothèses et des extrapolations assez hasardeuses.
L’une des premières est celle de Robert May, biologiste de l’évolution à Oxford, en 1988. Il s’est intéressé aux animaux et part de l’hypothèse qu’ils doivent être d’autant plus nombreux qu’ils sont plus petits. Se basant sur le nombre des gros animaux, mieux connus, tels que les mammifères et les oiseaux, il aboutit à une estimation de 10 à 50 millions (M) d’animaux terrestres (hors mers et océans).
Si on fait l’inventaire de tous les travaux réalisés depuis sur le sujet, on arrive à des chiffres variant de 3 à 100 M d’espèces existantes, pour les seuls eucaryotes. Les estimations considérées comme les plus vraisemblables allant de 5 à 30 M d’espèces. Si l’on veut aussi inclure les virus et les procaryotes, les incertitudes deviennent phénoménales.

Actuellement, l’évaluation la plus couramment acceptée est celle publiée en 2011 par Camilo Mora et al, qui arrivent à un chiffre de 8,7 M (± 1,3 M) pour l’ensemble des eucaryotes uni et pluricellulaires dont 8,1 M de plantes et d’animaux. C’est actuellement ce travail qui sert de référence et de base de calcul à des organismes comme l’IPBES dont il sera question plus loin. Leur travail est complexe et cohérent mais basé, là encore, sur des extrapolations aventureuses [1].

En même temps que cet article, la revue PLOS publie onze commentaires de lecteurs scientifiques dont certains sont très critiques, tant sur la méthodologie que sur les résultats. Par exemple celui Bernard Slippers, un expert mycologue, qui estime que le règne des champignons dépasserait à lui seul 8,7 M d’espèces (l’estimation de Camillo Mora et al. est de 611 000 ± 297 000 !). Ce seul commentaire illustre bien l’énorme degré d’incertitude qui pèse toujours sur cette question. Autre exemple : leur estimation des espèces de procaryotes dans les océans est de 1 320, alors que l’expédition Tara Oceans a déjà permis d’en identifier autour de 35 000.

Une publication de chercheurs Australiens parue en 2014 pointe le fait que depuis six décennies, les estimations du nombre d’espèces publiées par différentes équipes n’ont pas réussi à converger[2].

Recensement des espèces menacées

Les deux principaux organismes internationaux sur cette question sont l’International Union for Conservation of Nature (IUCN) et le World Wide Fund for Nature (WWF). Nous traiterons de ce dernier dans la section suivante car il fait aussi des estimations globales d’espèces menacées.

La Liste Rouge des espèces menacées d‘extinction, établie par l’IUCN, sert de base aux travaux scientifiques qui se penchent sur ce sujet. Créé en 1964, cet organisme est devenu la source d’information la plus complète dans le monde sur les risques d’extinction des espèces animales, végétales et des champignons. Cette Liste Rouge est souvent citée comme un « baromètre de la vie« .

L’IUCN est un organisme privé financé par des dons de fondations et de particuliers et travaille en partenariat avec de nombreuses universités dans le monde. Au 31 août 2020, sur 120 372 espèces étudiées, 32 000 étaient placées sur la Liste Rouge (27%). Leur projet est d’arriver à évaluer 160 000 espèces d’ici fin 2020. Remarquons que ce chiffre, qui demande pourtant un travail considérable, ne représente jamais que 2% des espèces animales et végétales qui existeraient si l’on se fie à l’estimation de Camillo Mora et al.

L’IUCN classe les espèces qu’il évalue en 9 catégories : 1) Non évaluées, 2) données insuffisantes, 3) peu préoccupantes, 4) presque menacées, 5) vulnérables, 6) en danger d’extinction, 7) gravement menacées d’extinction, 8) éteintes à l’état sauvage, 9) éteintes. Ce sont les espèces des catégories 5,6 et 7 qui sont classées comme menacées. Les critères utilisés sont essentiellement basés sur le nombre d’individus et sur la réduction de l’aire occupée. Dans la catégorie 8, ils ont recensé 77 espèces et dans la catégorie 9 : 882 espèces éteintes depuis l’an 1500.

Estimation du nombre total d’espèces menacées d’extinction.

Il s’agit là d’estimations effectuées par deux organismes internationaux : L’Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services (IPBES) et le WWF déjà cité.

Ces deux organismes ont diffusé des annonces qui font le buzz médiatique depuis 2018. L’IPBES annonçant dans son rapport de 2019 qu’un million d’espèces étaient menacées d’extinction ; le WWF annonçant dans son rapport de 2018 que, depuis 1970, les populations de vertébrés avaient diminué de 60 % et, dans son rapport de 2020, de 68 %.

A) L’IPBES

Cet organisme n’est pas une ONG  comme l’IUCN et le WWF. Il se désigne lui-même comme un organisme intergouvernemental indépendant comprenant plus de 130 États membres dont le rôle est de fournir aux décideurs des évaluations scientifiques objectives sur l’état des connaissances sur la biodiversité de la planète. On le désigne souvent comme le « GIEC de la biodiversité ». On peut lire ici son rapport 2019 en Français.

Comment est calculé le chiffre de 1 million d’espèces menacées ? À partir des données de la Liste Rouge de l’IUCN, que les chercheurs de L’IPBES ont extrapolées à toutes les espèces animales et végétales du globe. Ils prennent comme nombre total d’espèces existantes l’estimation de Camilo Mora et al. C’est à dire 8,1 M dont environ 5,5 M d’insectes, soit 75%. Leur calcul est simple : d’après la Liste Rouge de l’IUCN de 2018, 10 % des espèces d’insectes sont menacées = 550 000 et 25 % des autres espèces le sont = 625 000. En arrondissant, cela fait en tout 1 million d’espèces.

En défense de cette estimation, on peut lire les justifications données par Andy Purvis, Professeur au Natural History Museum à Londres, responsable de ce travail (en Anglais). Il s’agit de réponses à 13 questions couramment formulées. Contentons-nous d’en résumer une. À la question :  « Pourquoi faire des estimations d’extinctions basées sur des millions d’espèces inconnues », Andy Purvis répond : Parce qu’il serait idiot de ne pas le faire (!). Un peu plus loin il ajoute : Il ne fait aucun doute qu’au moins certaines de ces espèces non découvertes sont menacées d’extinction. Les ignorer serait donc non seulement stupide mais résolument non scientifique. Leur calcul étant basé sur les 120372 espèces évaluées par l’IUCN et les estimations du nombre total variant de 3 à 100 M, on est en droit de se demander s’il n’y a pas confusion entre démarche scientifique et communication médiatique. Surtout quand on connaît les énormes différences entre zones géographiques et entre espèces.

L’IUCN est beaucoup plus prudent, sur son site on lit : Les évaluations portent sur environ 5 % des espèces actuellement décrites et l’IUCN n’est pas en mesure de donner une estimation globale sur le nombre d’espèces menacées sur la planète.
Il est aussi précisé :  parmi les espèces évaluées, il y a des biais en faveur des espèces terrestres, notamment forestières, et aussi un fort biais (strong bias) en faveur des animaux plutôt que des plantes et des champignons. Raison de plus d’être très réservé vis à vis de toute extrapolation.

B) Le WWF

World Wide Fund for Nature, ou Fond Mondial pour la Nature France ou WWF France. Le WWF ne s’intéresse qu’aux seuls vertébrés : mammifères, oiseaux, poissons, reptiles et amphibiens, et publie un rapport tous les deux ans. Le tout dernier rapport, publié en septembre 2020 porte sur 20 811 populations de 4 392 espèces étudiées jusqu’en 2016 (p. 19), le précédent rapport date de 2018. Le WWF ne se contente pas de faire un recensement, il fait aussi une estimation de la proportion globale d’espèces menacées dans le monde en extrapolant à partir des espèces étudiées. Cette généralisation donne ce qu’il appelle l’Indice Planète Vivante ( LPI en Anglais).
Mais il y a un sérieux problème avec la diffusion de ces rapports.

Dans le communiqué de presse du rapport 2018 du WWF France sur le LPI ; on lit en très gros titre : 60 % des populations d’animaux sauvages perdues en 40 ans. Dans le rapport de 2020 du WWF mondial, on lit : Le LPI montre une chute(fall) moyenne de 68 % chez presque 21 000 populations sauvages.

Tout le monde comprend que 60 ou 68 % des vertébrés ont disparu. C’est d’ailleurs le terme utilisé par la plupart des médias français et anglo-saxons comme on peut le constater sur le web. Certains journalistes parlent même d’animaux ou de faune sauvage disparus au lieu des seuls vertébrés. Le catastrophisme c’est très vendeur.

Pourtant, si ces gens avaient consulté le supplément technique du rapport de 2018, qui détaille la méthodologie utilisée, ils auraient pu lire : le LPI est un changement relatif et non un changement absolu. On y lit aussi : La tendance (trend) globale calculée représente une tendance moyenne des changements des populations et non une moyenne du nombre total d’animaux ou d’espèces perdus (lost) (p. 4 et 12). Autrement dit, dans ses rapports et communiqués de presse, le WWF présente la signification de son LPI de façon très ambiguë, sinon erronée. Maladresse ou astuce de communication ? Pour plus de discussions sur cet indice, on peut se reporter à un article très pertinent du journaliste scientifique néerlandais Arnout Jaspers.

Dans ce supplément technique du WWF, on trouve aussi l’intéressant graphique suivant :

 

Figure 1 : Proportion d’espèces dans chaque groupe taxonomique pour lesquelles la tendance moyenne est en augmentation, est stable ou en diminution. C : (WWF, ZSL, 2018 Tech. suppl. LPI)

Avec la tendance moyenne calculée pour chaque espèce, on voit qu’un peu plus de la moitié des espèces de mammifères, oiseaux et reptiles, sont stables ou en accroissement tandis que plus de 50 % des espèces de poissons et d’amphibiens montrent un déclin. C’est une présentation bien plus nuancée et plus informative qu’un simple indice global sur la signification duquel le WWF lui-même semble se contredire.

Sur un sujet aussi important et aussi débattu que la biodiversité, il serait dommage d’en rester à des chiffres globaux, issus d’extrapolations très contestables. Je voudrais donc terminer ce texte avec des informations scientifiques plus consistantes, même si elles sont beaucoup plus restreintes.

Les poissons d’eau douce en France

L’occasion nous en est donnée par un ouvrage paru en 2020 : La gestion écologique des rivières françaises dirigé par Jean-Paul Bravard et Christian Lévêque, écologues spécialisés dans l’écologie des milieux en eau douce. Un chapitre (ch. 2 de la 4e partie) fait référence à plusieurs travaux sur les changements du nombre d’espèces et de leurs effectifs dans les rivières françaises. Il renvoie à un texte de synthèse de 2013 : Tendances évolutives des populations de poissons de 1990 et 2009  (rivières et cours d’eau) de l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA). Ce texte résume ainsi la situation (p. 7) : L’analyse de 20 ans de suivi des peuplements de poisson par pêche à l’électricité démontre une augmentation de l’aire de répartition et des effectifs pour la majorité des espèces. Si les évolutions les plus spectaculaires concernent certaines espèces exotiques (comme le silure ou l’aspe), de nombreuses espèces natives (comme le spirlin ou barbeau commun) montrent aussi des tendances à la hausse. Néanmoins, la situation de certaines espèces (l’anguille européenne, la truite commune, le toxostome) est particulièrement préoccupante, les populations étant clairement en déclin.

Ce résumé est très clairement illustré par les graphiques 2 et 3 ci-dessous. Ils représentent les données sur 47 espèces et on voit bien que, pour l’aire de répartition comme pour les effectifs, la quantité d’espèces stables ou en augmentation est largement supérieure aux espèces menacées. La situation globale des poissons d’eau douce en France est donc bien loin d’un « effondrement ».

Figure 2 : Changements dans l’ère de répartition des espèces étudiées. Cinq sont significativement en diminution (13 en tout), 20 en augmentation (33 en tout). C : BDMAP (onema) mai 2011
Figure 3 : Changements dans la densité des populations pour la période 1990-2009. Huit espèces sont significativement en déclin, 34 en augmentation. C :BDMAP (onema) mai 2011

Comparons avec la Liste Rouge de l’IUCN (en Français) sur le même sujet. Première constatation : Quinze espèces sont considérées par la Liste Rouge comme menacées sur les 80 qui ont été évaluées (p. 12 et 13). On constate que les évaluations diffèrent de celles de l’ONEMA. Des trois espèces particulièrement préoccupantes pour cette dernière, seule l’anguille européenne est aussi sur la Liste Rouge. La truite commune n’y est classée qu’en « préoccupation mineure » et le toxostome en « presque menacé ». Inversement, l’Ombre commun, classé comme « vulnérable » par la Liste Rouge semble se porter fort bien sur les graphiques de l’ONEMA. Bonne illustration du fait que le statut écologique d’une espèce peut prêter à des évaluations discordantes.

Second point : La Liste Rouge reste dans son rôle, qui consiste à ne recenser que les espèces en danger. L’ONEMA, quant à lui, présente le statut écologique de toutes les espèces étudiées, bon ou mauvais. Il donne ainsi une vision plus complète de la situation qui, du coup, apparaît nettement plus positive. Cette situation favorable des poissons d’eau douce en France est probablement la conséquence d’une politique de réaménagement des cours d’eau datant du milieu du XXe siècle et confortée par la Loi sur l’Eau en 1992.

Le déclin de la biodiversité n’est donc pas une fatalité. Malheureusement, les solutions pour le stopper se heurtent dans beaucoup de régions du globe à d’importants problèmes à la fois économiques, sociaux et politiques. Problèmes  d’une gravité sans commune mesure avec ceux rencontrés pour les cours d’eau de France. Mais là on dépasse très largement le cadre de ce texte.

Remarques en guise de conclusion

Les rapports de l’IPBES et du WWF posent un problème de fond. Étant donné la très grande diversité des zones géographiques et des espèces, est-il vraiment pertinent d’exprimer les modifications de la biodiversité par un chiffre global ? Lorsque celui-ci est très anxiogène, il peut être très efficace pour déclencher un battage médiatique, mais certainement pas pour une véritable information. On a le même type de problème avec la prétendue extinction de 75 % des insectes et de nombreux scientifiques s’en inquiètent. Avec de telles méthodes on croit sensibiliser les gens et on risque en fait d’aboutir à les démoraliser, voire à les perturber mentalement (eco-anxiété) et à discréditer la science. Comme l’écrit Christian Lévêque Dire que tout va bien serait peu sérieux, mais faire croire que tout va mal l’est tout autant. Cette phrase pourrait d’ailleurs constituer une bonne conclusion de ce texte.

Je me permets d’ailleurs de conseiller vivement la lecture de cet article de C. Lévêque publié par l’AFIS. Comme dans tous ses ouvrages, il défend une conception de l’écologie scientifique dans la logique de la pensée évolutionniste. Conception basée sur des observations approfondies et de plus en plus répandue parmi les écologues alors que, pendant longtemps, ceux-ci avaient conservés un cadre de pensée fixiste. On rencontre d’ailleurs encore souvent les termes : « équilibre », « conservation », « restauration » des écosystèmes. Or le monde vivant, à tous les niveaux d’organisation, est en perpétuel changement. Une vision fixiste relève plus du religieux que du réel, comme une réminiscence plus ou moins inconsciente du récit biblique.

[[1]] Les auteurs fondent leur estimation sur l’hypothèse que, dans un Règne du vivant, le nombre d’espèces est corrélé à l’abondance des unités taxonomiques (taxons) d’ordre supérieur (Genre, Famille, Classe, Ordre, Embranchement). L’intérêt de cette approche est que le nombre de taxons d’ordre supérieur est plus facile à recenser que les espèces elles-mêmes.

[[2]] Ces chercheurs font remarquer que ces différentes estimations sont fortement incohérentes entre elles. Par exemple, certaines estimations du nombre d’espèces marines sont plus élevées que d’autres sur l’ensemble des domaines vivants. De même des estimations du nombre d’espèces des récifs coralliens sont supérieures aux certaines estimations de la totalité des espèces marines.



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Le côté obscur du monde de la recherche

Depuis les années 1990, il est beaucoup question du problème de l’intégrité dans la recherche scientifique et à juste titre car il devient vraiment préoccupant. En début de cette année 2018, à un mois d’intervalle, nous avons pu entendre à ce sujet, sur France Culture, deux hauts responsables de la recherche. Le Professeur Antoine Petit, nouveau président de l’un des plus grands organismes publics de recherche en France (CNRS) et le Professeur Pierre Corvol du Collège de France, auteur d’un volumineux rapport sur le sujet. Ce rapport avait été remis en 2016 à M. Thierry Mandon, alors Secrétaire d’État à l’Enseignement Supérieur et à la Recherche et avait abouti à la création de L’Office Français de l’Intégrité Scientifique (OFIS). Aux USA, un organisme équivalent avait déjà été mis en place dès 1992 et, depuis cette date, deux conférences mondiales se sont tenues sur cette question, ce qui traduit bien l’inquiétude générale. Dans leurs interventions radiophoniques, ces deux hauts responsables affirmaient qu’à partir du moment où une fraude était avérée, il ne fallait pas hésiter à sanctionner très sévèrement le ou les chercheurs coupables. Mais le rapport de Pierre Corvol, comme les deux interventions radiophoniques et les articles de presse sur le même sujet, ne couvrent qu’une partie des problèmes liés à l’intégrité scientifique. Ils n’évoquent jamais ceux qui concernent les instances d’évaluation et cette lacune m’a incité à écrire ce billet. Les fraudes dues aux chercheurs eux-mêmes ne seront donc que brièvement évoquées ici.

1) Les divers types de fraudes

Les fraudes liées à la pratique de la recherche sont de nature et d’importance très diverses. Elles peuvent aller d’un simple «lissage» des résultats expérimentaux, pour les rendre plus convaincants, jusqu’à une invention pure et simple de résultats, avec toutes sortes de situations intermédiaires. Il n’y a guère que deux types de cas où les preuves de fraudes peuvent vraiment être obtenues. L’un est l’invention de données, dont on connaît quelques exemples célèbres, le plus récent (2018) concernerait un archéologue qui aurait, paraît-il, fabriqué des faux pendant 50 ans de carrière ! L’autre type de cas est le plagiat de résultats d’autres chercheurs. Par contre, les cas intermédiaires sont beaucoup plus difficile à déceler et plus encore à prouver. L’un des plus fréquents, à ma connaissance, est la sélection des données publiées. C’est le cas lorsqu’un chercheur obtient, sur un phénomène donné, des résultats contradictoires selon les expériences et ne retient que ceux qui laissent croire à un phénomène scientifiquement intéressant et qui peuvent donc faire l’objet d’une publication. Pour ce type de cas, comme pour le «lissage» ou «l’embellissement» des résultats, certains scientifiques dont Alain Fuchs, ancien Président-directeur général du CNRS de 2010 à 2017, préfèrent parler de «méconduites scientifiques». Ils réservent le terme de fraude à l’invention de résultats. À mon sens, cette différence d’appréciation est très discutable, choisir les données à publier en omettant celles qui les contredisent n’est pas très différent d’une invention de résultats. Ces cas intermédiaires ne sont pas rares et tous les chercheurs le savent. C’est l’une des raisons qui explique l’omerta qui règne dans le milieu scientifique sur cette question, car la «méconduite» d’un seul chercheur peut entacher l’image de tout un laboratoire, avec toutes les conséquences concrètes, dont financières, qui peuvent en découler.

Le lecteur qui veut avoir des informations sur des cas récents de fraudes, avérées ou non (car il y a aussi des dénonciations mensongères), pourra se reporter aux articles de presse qui concernent les cas d’Olivier Voinnet, de Catherine Jessus et d’Anne Peyroche (et plus récemment cet article). Mais, dans les cas où la fraude est avérée, on ne doit pas oublier le rôle très néfaste que joue la pression exercée par l’idéologie dominante, celle de la concurrence, de la compétition et du chacun pour soi. Bref le « darwinisme social » (bien mal nommé) qui imprègne de plus en plus nos sociétés et qui est parfois vanté au plus haut niveau politique. Dans ce contexte idéologique les chercheurs sont pris dans un engrenage qui leur ôte toute liberté d’esprit, surtout s’ils sont débutants et donc en situation de précarité. Cela se traduit par la fameuse expression anglaise « publish or perish » (traduction superflue je présume). Mais nous touchons là à une vaste question socio-politique qui dépasse largement le cadre de ce texte.

Comme je l’ai dit plus haut, le propos de ce billet n’est pas tant de parler des fraudes dans la pratique des chercheurs que d’attirer l’attention sur un problème qui n’est jamais évoqué publiquement à propos d’intégrité scientifique, celui des commissions d’évaluation. Si les organismes publics de recherche veulent sévir contre les atteintes à la probité de la démarche scientifique il doivent, en tant qu’institution, commencer par balayer devant leur porte. Ils ne peuvent faire l’impasse sur ce qui se passe dans leurs propres instances officielles et considérer qu’elle sont au-dessus de tout soupçon. Ils doivent s’assurer qu’elles sont une référence d’intégrité, or ce n’est pas toujours le cas et cela est bien connu dans le milieu scientifique.

2) Des instances d’évaluation au dessus de tout soupçon ?

Dans les années 1980, j’ai personnellement siégé dans une commission d’évaluation de l’un des grands organismes publics de recherche et plus sporadiquement dans un autre et il est clair que l’impartialité n’y est pas toujours de mise. On assiste parfois à des manipulations manifestement concertées avant la réunion officielle entre gens qui sont là beaucoup plus pour servir leurs intérêts personnels (voire régler des comptes), que pour faire une évaluation objective et impartiale. Une commission comprend généralement une vingtaine de membres, mais pour chaque dossier deux ou trois seulement en ont vraiment connaissance, parfois un seul. Pour des thèmes scientifiques originaux ou complexes, tout repose sur la compétence et l’honnêteté du ou des rapporteurs et ces deux qualités ne sont pas toujours au rendez-vous. Cela permet bien des mauvais coups contre des chercheurs ou des labos, mais parfois aussi l’inverse : c’est à dire protéger des chercheurs très douteux. Je me souviens du cas d’un personnage un peu charlatanesque dans un grand institut, soutenu pendant longtemps par des personnalités éminentes. A ce titre, il avait bénéficié, au fil des années, de rapports favorables dans les commissions dont il relevait. Il avait pu ainsi abuser beaucoup de monde pendant une bonne partie de sa carrière, jusqu’au jour où une commission a fait sérieusement son travail et l’a publiquement déjugé. Le degré de probité des instances d’évaluation est très variable, il dépend beaucoup de l’attitude de quelques membres influents. La personnalité du (ou de la)  président(e) est évidemment déterminante.

Ce problème des instances d’évaluation est un sujet important et on ne peut se contenter de vagues propos. Je résume donc un cas concret, que j’ai eu à connaître, documents à l’appui, et qui me paraît particulièrement significatif de la gravité des dérives possibles. Un jeune chercheur d’une grande institution publique de recherche apprend oralement qu’il vient d’être l’objet d’une évaluation très négative par sa commission de rattachement. Quand, deux mois après, il peut enfin consulter son dossier, délai tout à fait anormal dû au président (que s’est-il donc passé pendant ces deux mois ?), il s’aperçoit qu’il contient deux rapports. L’un scientifiquement correct et favorable, l’autre d’une rare indigence (voir plus loin) et aux conclusions très négatives, exigeant qu’il change de laboratoire. Il constate avec stupeur que l’auteur du rapport correct a également cosigné l’autre rapport, ce qui pose évidemment la question de savoir quelles pressions l’ont conduit à cet acte déontologiquement grave. Ce chercheur apprend aussi que la commission a statué sur la base de l’intervention de l’auteure du rapport erroné, qui se prétendait spécialiste du thème de recherche, ce qui était faux, et était de plus d’une rare inculture biologique. A titre de comparaison, c’est un peu comme si un tribunal délibérait en l’absence de l’accusé et de son avocat et condamnait sur la seule foi d’une accusation trompeuse, sans même que les jurés aient connaissance du dossier et sans aucune possibilité pour l’accusé de faire appel.

Ceci remonte à une vingtaine d’années. Je ne résume ici que le fait le plus marquant, dûment attesté par des documents écrits. Cette affaire, qui s’était en fait échelonnée sur deux années, avait été marquée par bien d’autres péripéties tout aussi anormales, dont une forte campagne de dénigrement de la part du président de la commission qui était en grave conflit d’intérêt[1] avec l’équipe visée. La décision prise était grave, car elle avait entraînée la disparition de cette équipe, et d’autant plus choquante que les travaux de ce chercheur avaient aboutis à la première mise en évidence d’un phénomène biologique important chez l’animal. Ils avaient d’ailleurs été publiés peu de temps après dans une revue spécialisée de haut niveau. Le rapport qualifié plus haut d’indigent ne faisait aucune mention de ces résultats importants, il contenait par contre d’importantes erreurs factuelles et toutes sortes de considérations très subjectives n’ayant pas leur place dans un rapport scientifique. On comprendra que je ne puisse donner plus de précisions scientifiques afin de préserver l’anonymat du chercheur concerné qui est toujours en activité, donc vulnérable.

Ce cas particulier est édifiant à un double titre car on y retrouvait aussi la fameuse omerta et cette fois au plus haut niveau de la hiérarchie. Face à cette forfaiture, le directeur de recherche de cette équipe était intervenu par courrier auprès des plus hauts responsables de cet organisme de recherche ainsi qu’auprès du ministère de tutelle. Seul le président de l’organisme avait répondu. Il déclarait qu’une nécessaire réforme du fonctionnement des commissions était en préparation, mais ne demandait aucune contre-expertise sur le cas en question. C’était en quelque sorte une omerta polie, dans la droite ligne de l’idée, souvent entendue, qu’il ne faut pas remettre en cause l’autorité des instances d’évaluation. Ce qui revient bien sûr à un refus de remettre en cause l’autorité de l’organisme lui-même. Une position déjà très contestable quand il s’agit d’institutions régaliennes (armée, police …) mais qui paraît totalement incongrue s’agissant d’un organisme scientifique.

Ceci se passait à la fin des années 1990 et il ne semble pas que les règles de fonctionnement de ces instances d’évaluation aient évolué depuis. Si les responsables des grands organismes nationaux de recherche devaient continuer à laisser faire, dans le plus grand silence, toutes sortes de forfaitures, ils ne pourraient avoir l’autorité morale nécessaire pour dissuader la fraude chez les chercheurs. Une réforme à minima serait de mettre en place des instances d’appel pour les cas où des commissions d’évaluation ferait de graves entorses à la déontologie. L’OFIS, cité plus haut, devrait pouvoir remplir ce type de fonction.

Il faut bien prendre conscience que dans un contexte sociétal où la science est déjà très contestée, la question soulevée ici n’est pas du tout anodine. Le laxisme dans la probité scientifique, surtout de la part des institutions elles-mêmes, ne peut qu’entamer encore plus leur crédibilité et donner des armes aux courants antiscience.


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  1. Il ne s’agit pas ici d’un conflit d’intérêt banal. Le chercheur dont il est question avait travaillé ponctuellement sur le même sujet que l’équipe du président de la commission et avait publié des résultats expérimentaux contredisant l’une des premières publications de cette équipe. Résultats que cette même équipe avait elle-même obtenus, qui étaient même décrits dans une thèse, mais systématiquement déniés dans les publications. Il y avait donc fraude par dissimulation de données expérimentales.

Lamarck et Darwin : deux visions divergentes du monde vivant

Ceci est une brève présentation d’un article qui vient d’être publié dans l’Encyclopédie de l’environnement, remarquablement illustré par mon collègue Jacques Joyard, Directeur de Recherche honoraire au CNRS, que je remercie vivement. J’en présente simplement le résumé, accompagné d’un bref commentaire.

Résumé

Les deux dernières décennies ont vu s’accumuler des données scientifiques sur les phénomènes dits épigénétiques, modifications de l’expression des gènes induites par l’environnement et transmises transitoirement à la descendance. Ceci a conduit des auteurs à faire le rapprochement avec le lamarckisme, certains vont même jusqu’à proposer l’élaboration d’une nouvelle théorie synthétique de l’évolution combinant les théories de Lamarck et de Darwin. Une comparaison des principes de base de ces deux théories montre que leurs visions du monde vivant sont trop divergentes pour être conciliables. Ceci n’enlève rien au fait que les recherches sur les phénomènes épigénétiques conduiront certainement à un enrichissement de la théorie darwinienne.

Commentaire

Comparer les théories de Lamarck et de Darwin présente bien sûr un intérêt en soi, puisque les idées de ces deux grands naturalistes constituent des étapes historiques décisives dans la compréhension de l’origine de la vie et de l’évolution du monde vivant. De plus, c’est aussi un bon moyen d’aider le lecteur à clarifier ses idées sur ces grandes questions, dont tout indique qu’elles sont encore et toujours très mal comprises, y compris par ceux qui se disent tout à fait convaincus du fait évolutif.

Mais l’intérêt de cette comparaison est plus global. Comprendre les mécanismes de l’évolution biologique c’est aussi comprendre les lois qui régissent toujours et partout le monde vivant, ce qui est manifestement bien loin d’être chose acquise pour la grande majorité des gens. A lire ou écouter beaucoup de ceux qui parlent de la nature, on a l’impression d’un remake de la Théologie Naturelle. Une vision du monde qui était la croyance majeure jusqu’au XVIIIe siècle : la nature est bonne et harmonieuse car créée par Dieu qui, étant parfait, ne peut faire que des choses parfaites. La référence à Dieu n’étant plus très tendance de nos jours, le fantasme de la perfection a été transféré à la nature elle-même.  Celle-ci est sacralisée, quasiment déifiée et prend, dans la foulée, un N majuscule. Cette croyance, plus ou moins consciente, est même l’une des caractéristiques du courant environnementaliste. On y entend des discours qui se situent en plein imaginaire, aux antipodes du réel, de la part de gens dont l’observation de la nature est superficielle, juste pour l’agrément du spectacle.

Cet article, comme celui sur la théorie de l’évolution publié dans la même encyclopédie et sur ce blog (à quelques variantes près dont le titre), est censé s’adresser à un large public et devrait aider à mieux comprendre  le monde vivant, sur la base des connaissances scientifiques plutôt qu’à travers une représentation fantasmatique.

 

Comment les organismes vivants protègent leur ADN

résumé

On sait depuis déjà longtemps que les bactéries réagissent aux agents mutagènes par une réponse adaptative qui stimule les gènes de réparation de l’ADN. Nous allons voir ici des expériences sur des animaux et des plantes montrant une stimulation analogue suite à des doses modérées de rayonnements, qui ont donc des effets bénéfiques sur l’organisme. Ceci nous amènera à évoquer le cas a priori surprenant de la zone interdite de Tchernobyl, spontanément devenue une réserve d’animaux sauvages. Pour terminer nous évoquerons l’interminable et parfois vif débat sur l’existence même de cette réponse adaptative, que les toxicologues dénomment aussi « hormesis ».

Introduction

Dans un article écrit pour l’Encyclopédie de l’environnement : « Le génome entre stabilité et variabilité » , je signalais l’existence de mécanismes qui stimulent l’efficacité des réparations de la molécule d’ADN suite à des anomalies de structure (lésions) provoquées par des agents mutagènes (génotoxiques). Dans le cadre de cette encyclopédie, il n’était pas possible de développer ce sujet.
Je me devais d’y revenir dans ce blog. D’une part parce que ce fut le thème de recherche de mon équipe de Marseille-Luminy, pendant une dizaine d’années. D’autre part parce qu’il s’agit d’un sujet important, notamment en biologie fondamentale et en radiothérapie anti-cancéreuse. Pour rester accessible à un large public, objet même de ce blog, je me focaliserai sur l’essentiel. Les biologistes qui seraient intéressés trouveront des liens vers les publications scientifiques. Lire la suite

Encyclopédie de l’environnement

Ce court billet pour signaler la création d’un site en accès libre traitant des questions environnementales. Il est conçu et mis en œuvre par des scientifiques et parrainé par l’Université Grenoble-Alpes. Cette encyclopédie de l’environnement comporte huit rubriques traitant chacune d’une composante essentielle de notre environnement : air, eau, sol, climat, physique, vivant, santé, société. A ce jour (décembre 2018), 140 articles sont en ligne complétés par 78 focus, beaucoup d’autres sont en préparation. Tous les textes sont écrits par des scientifiques spécialisés dans les sujets traités; Ils permettront aux lecteurs de disposer d’informations fiables et d’être en mesure d’exercer leur esprit critique sur un sujet qui prend de plus en plus d’importance et qui est bien souvent mal traité (en 2 mots comme en 1 seul) par les médias.

Je profite de cette annonce pour ajouter quelques commentaires plus personnels. Cette initiative était devenue nécessaire dans le contexte actuel. Il règne en effet sur les questions environnementales une énorme confusion, créée et entretenue par des organisations à intérêts divers, politiques ou commerciaux (le cumul n’étant pas interdit !), qui déclarent tout et son contraire sur ce vaste et important sujet. Déclarations abondamment relayées par les médias, d’autant plus fortement qu’elles sont plus génératrices d’inquiétudes. C’est très bon pour l’audimat, donc pour les recettes publicitaires. Un véritable commerce de la peur s’est ainsi développé et prend des proportions qui peuvent légitimement inquiéter pour au moins deux raisons. D’une part, ces campagnes de désinformation entraînent les dirigeants politiques à prendre des positions démagogiques dommageables, d’autre part elles alimentent un dangereux courant antiscience, de plus en plus tapageur et parfois violent. Les groupes associatifs ou politiques qui mènent ces campagnes se réclament de l’écologie. Or l’écologie est une science, née à la fin du 19e siècle, suite aux théories de Lamarck et surtout de Darwin, et ces campagnes de peur sont theologie-naturelleaux antipodes de la démarche scientifique. Non seulement par les arguments avancés, mais plus profondément par la vision de la nature qui les anime. Une vision toute imprégnée de la théologie naturelle, pensée religieuse dominante jusqu’à Darwin. Elle prônait la croyance que tout est harmonie dans une Nature créée par intervention divine. Sous-entendu : toute intervention de l’homme est sacrilège. Il faut vraiment n’avoir aucun sens de l’observation pour croire que la nature est bonne et harmonieuse, et il faut être fortement imprégné de culture biblique pour considérer que l’homme est extérieur à cette nature. En d’autres termes, tous ces marchands de peur sont encore tout pénétrés de relents créationnistes sans en être conscients.

En bref, le terme « écologie » est littéralement usurpé à des fins politiques ou commerciales. C’est au point que les chercheurs de cette discipline, depuis déjà longtemps, ont préféré renoncer au qualificatif d' »écologistes » et le remplacer par celui d' »écologues ». Un abandon défaitiste, lié en partie à des problèmes internes à cette discipline, qui a été peu judicieux et se trouve à l’origine d’un malheureux malentendu chez le grand public. Ainsi, la plupart des gens s’imaginent que lorsqu’un parti ou une association s’exprime au nom de l’écologie, c’est en s’appuyant réellement sur des connaissances scientifiques, alors que c’est très rarement le cas. On trouvera beaucoup plus d’informations sur ce sujet dans deux ouvrages clés :

-L’écologie est -elle encore scientifique ? de Christian Lévêque, publié en 2013 aux éditions Quae.

L’écologie kidnappée de Georges Guille-Escuret, publié en 2014 au PUF.

L’évolution biologique entre science et croyances

« L’évolution ne cesse d’aller à contre-courant de nos réflexes premiers et profonds. Pourquoi ? Tout simplement parce que parler d’évolution c’est parler de science et seulement de science ». Guillaume Lecointre « Guide critique de l’évolution »

Dans plusieurs textes de ce blog il a été question de l’évolution des êtres vivants, phénomène généralement très mal compris et pas seulement par le grand public. Pourtant, il s’agit de la découverte scientifique qui a eu l’impact le plus considérable sur notre représentation du monde vivant et de la place que nous y occupons. Elle a fait passer l’Homme du statut d’un être créé par Dieu à son image au statut d’une espèce issue d’une très longue histoire évolutive à partir d’autres organismes. C’est là bien sûr la raison essentielle des incompréhensions, réticences et rejets dont elle est toujours l’objet. Elle bouleverse aussi notre perception des écosystèmes, que nous savons maintenant être en perpétuel changement et non plus statiques (une vision très majoritaire dans la mouvance dite «écologiste»). Il m’a paru utile de résumer en un seul texte, le plus bref possible pour en faciliter la lecture, les concepts les plus basiques de ce processus évolutif en renvoyant, pour plus de détails, à d’autres textes de ce blog ou à des ouvrages plus complets. Lire la suite

ADN partout… ADN nulle part… perplexité d’un généticien

Comme on peut s’en douter à la lecture du titre, ce texte est écrit sur le mode humoristique, je ne vois pas d’ailleurs de quelle autre façon pourrait être traité un pareil sujet même si, tout compte fait, ce qui en ressort n’est pas vraiment réjouissant. Comme dit la chanson de Jean Ferrat : « Faut-il pleurer, faut-il en rire ? … ». A chacun de juger. Lire la suite

Croyances et démocratie

9782130607298La principale raison d’être de ce blog étant de démystifier les « croyances, superstitions et dérives médiatiques » dans les domaines qui touchent à la Génétique, et ils sont nombreux, je me devais de signaler un livre qui va bien au-delà de ce champ de compétences et dont la lecture est à la fois agréable et stimulante, voire même très surprenante par moments. Il s’agit de « La démocratie des crédules » de Gerald Bronner. Cette lecture intéressera tous ceux qui veulent aiguiser leur esprit critique pour faire face à ces avalanches de croyances, plus délirantes les unes que les autres, auxquelles nous sommes confrontés en permanence avec les média et certaines ONG,  surtout depuis le développement d’internet. Lire la suite

Le maïs, le petit papillon et les méchants champignons – Fable italienne très édifiante

Dans l’article « OGM, fantasmes et réalités », j’avais évoqué la dangerosité alimentaire des mycotoxines dont certaines sont à la fois cancérogènes, neurotoxiques, et autres joyeusetés. C’est le moment d’y revenir à la lumière d’un énorme scandale sanitaire qui agite l’Italie et dont nous n’avons aucun écho en France. Le directeur d’une coopérative agricole regroupant 16 producteurs a été emprisonné et une vingtaine d’autres personnes sont, à des degrés divers, poursuivies par la justice. Près de 300 carabiniers sont mobilisés pour effectuer des dizaines de perquisitions. L’affaire est donc de taille et sous la pression publique, l’enquête est menée grand train et en profondeur, du moins on peut l’espérer. Lire la suite

Les surprises de l’évolution : des virus parmi nos ancêtres ?

A plusieurs reprises, j’ai abordé ici des questions touchant à l’évolution ou à la transgenèse. C’est une bonne raison pour parler d’une découverte récente qui fait un lien très spectaculaire entre ces deux sujets. Elle montre le rôle inattendu joué par certains virus dans l’apparition d’une innovation évolutive essentielle chez les mammifères : le placenta.

Schéma d'un virion de VIH

Schéma d’un virion de VIH. Les protéines de l’enveloppe sont les petites protubérances ovoïdes fixées sur la membrane virale, à la surface du virion .

Les virus impliqués dans cette innovation évolutive appartiennent à la famille des rétrovirus (retroviridae). L’exemple le plus largement connu est le VIH, responsable du SIDA. Mais il  en existe de nombreuses sous-familles qui infectent toutes les espèces connues, aussi bien animales que végétales et toutes ne sont pas  pathogènes. J’ai déjà eu l’occasion d’en parler dans l’article « OGM : fantasmes et réalités ». Lire la suite